Der Johannisfriedhof wurde erstmals 1307 urkundlich erwähnt. Er lag ursprünglich vor den Toren Jenas und zog sich von der heutigen Wagnergasse aus bergan Richtung Norden. Der Friedhof gehörte zur katholischen Pfarrkirche St. Johannes Baptist des Dorfes Leutra. Mit der Reformation wurde aus der katholischen Pfarrkirche eine evangelische Begräbniskapelle, die im 17. Jahrhundert zunehmend verfiel. Seit 1806 ist die Kirche St. Johannes Baptist wieder eine römisch-katholische Kirche, denn Napoleon Bonaparte schenkte sie der katholischen Gemeinde um den französischen Emigranten Gabriel Henry.
Die Kirche auf dem Friedhof, die heutige Friedenskirche, ist ein protestantischer Barockbau. Sie wurde 1686-93 als Herzog Johann-Georg-Kirche neu erbaut, als Jena für 18 Jahre ein eigenständiges Herzogtum war. 1743 wurde die Kirche der Garnison-Gemeinde zugewiesen, weshalb sie bis 1946 den Namen Garnisonkirche trug.
Der Friedhof musste im Laufe der Jahrhunderte mehrmals erweitert werden. Davon zeugen die Mauern innerhalb des Friedhofs, die früher Außenmauern waren. Der Friedhof mit der evangelischen Friedenskirche wurde 1938 von der katholischen Pfarrkirche St. Johannes Baptist räumlich getrennt, als die heutige Straße des 17. Juni zur Verbindung nach Weimar gebaut wurde. Grabtafeln und Skulpturen wurden an die Friedenskirche umgesetzt. 1950 wurde der Johannisfriedhof als Begräbnisstätte geschlossen und 1981 unter Denkmalschutz gestellt.
Der Johannisfriedhof mit seiner einzigartigen Flora und Fauna auf engem Raum ist eine Oase inmitten der Stadt Jena. Auf dem Friedhof gibt es 1.045 Grablegen, die namentlich und räumlich zugeordnet werden können. Viele bedeutende Persönlichkeiten der Stadt Jena und der Universität aus der Zeit des 17. bis 20. Jahrhunderts sind hier zur letzten Ruhe gebettet worden. Unter den erhaltenen Grabstätten finden sich einige aus der Ära des Barock mit den typischen Merkmalen: Totenkopf, Sanduhr, Sensenmann und Schmetterling. Seit 2014 unterstützt ein Förderverein die Kirchengemeinde bei der Pflege des historischen Friedhofs.
(Autor: Förderverein Johannisfriedhof Jena)